Jusqu'aux années 2000, l'origine du cheval domestique est étudiée par synapomorphie, en comparant des fossiles et squelettes. Les progrès de la génétique permettent désormais une autre approche, le nombre de gènes entre les différentes espèces d'équidés étant variable. La différenciation entre les espèces d’Equus laisse à penser que cette domestication est récente, et qu'elle concerne un nombre restreint d'étalonspour un grand nombre de juments, capturées à l'état sauvage afin de repeupler les élevages domestiques. Peu à peu, l'élevage sélectif entraîne une distinction des chevaux selon leur usage, la traction ou la selle, et un accroissement de la variété des robes du cheval domestique.

Les hommes de la culture Botaï ont vraisemblablement domestiqué les chevaux pour l'équitation de chasse et la traite des juments pour leur lait. Les chevaux sont gardés comme « réserves de viande » et la domestication s'effectue par « degrés », un contrôle humain s'établissant sur les naissances, ce qui peut être détecté sur les squelettes déterrés grâce aux changements dans la taille. L'attelage et l'utilisation militaire arrivent plus tard, laissant des preuves sur le squelette et les dents. La présence d'armes, d'art, d'artefacts et de pratiques spirituelles en lien avec les chevaux prouvent l'influence de cet animal sur le mode de vie des sociétés humaines. À la fin de l'époque préhistorique, la possession d'un cheval est indissociable d'une notion de pouvoir. Elle entraîne une modification dans l'art et les rites humains, ainsi qu'une manifestation de supériorité chez les peuples qui le maîtrisent. L'utilisation de chevaux se répand rapidement à travers l'Eurasie pour le transport, les travaux agricoles et la guerre. L'utilisation du cheval influence considérablement l'histoire et les progrès de l'humanité, en permettant l'essor des civilisations et du commerce sur de vastes territoires.